D. Carlota Joaquina nasceu a 25 de Abril de 1775 em Aranjuez, Espanha e era filha primogénita do rei Carlos IV de Espanha e de Maria Luísa de Parma. Com dez anos, casou-se com o príncipe de Portugal D. João, através de um acordo de aliança entre Portugal e Espanha.

Esposa de D.João VI, como tal, Rainha de Portugal, a sua ambição de ocupar o trono era muito grande o que a levou a envolver-se na preparação de vários golpes palacianos com o objectivo de retirar D.João VI do trono. No inicio da exigência napoleónica do Bloqueio Continental, tentou tornar-se rainha da Espanha, quando Napoleão forçou o seu pai a abdicar do trono.

Dado D. Carlota Joaquina ser a filha primogénita do rei Espanhol, por direito de sucessão directa tentou subir ao trono de Espanha e tornar-se imperatriz das colónias, possuídas por Espanha. Mas devido á falta de interesse do seu marido, este plano não teve qualquer resultado. Entre tanto as tropas napoleónicas chegam a Portugal (1808), por consequência a família real juntamente com a sua corte fogem para o Brasil.

Ao regressar a Portugal, D. Carlota Joaquina, sendo herdeira do trono, recusa-se a jurar a Carta Constitucional. Adepta fervorosa da monarquia absoluta, apoia conspirações contra-revolucionárias como a Vila Francada e Abrilada.

Entretanto, D. Miguel, filho de D. Carlota Joaquina com ideais igual ás da sua mãe, declarou-se rei absoluto, gerando as lutas liberais, ocasião em que D. Carlota Joaquina lhe deu todo o apoio, recebendo auxílio do seu país de origem.

D. Carlota Joaquina morreu a 7 de Janeiro de 1830 no Palácio de Queluz em Lisboa com 55 anos de idade e sem saber o desfecho da guerra civil.